Prowincjonalny dziś Kostrzyn nad Odrą przez prawie 40 lat (od 1535 do 1571 r.) był stolicą państwa. Stolicę ulokował tu margrabia Nowej Marchii Jan, nazwany później Kostrzyńskim, wybierając miejsce, które zapewniało strategiczną kontrolę nad ważnymi szlakami rzecznymi.
Dla sennego miasta nad Odrą i Wartą był to olbrzymi awans cywilizacyjny. Chociaż prawa miejskie Kostrzyn zyskał już około 1300 r. (lokacja na tzw. prawie myśliborskim), przez kilka wieków było to niewielkie i zaniedbane miasteczko. W 1530 r. zanotowano, że Kostrzyn wystawiał na wojny dziewięciu zbrojnych (dla porównania Choszczno i Chojna - po 38, Myślibórz - 23). W ciągu kilku lat po uzyskaniu stołeczności przybył do Kostrzyna dwór margrabiego Jana i jego żony (około 200 osób), ministrowie, dygnitarze, urzędy, kancelarie i sądy. Zwoływano tu sejmy Nowej Marchii, a miasto stało się widownią wydarzeń dyplomatycznych: w kwietniu 1569 zjechali tutaj książęta pomorscy, w 1586 roku odbył się w Kostrzynie zjazd protestanckich książąt Rzeszy. Elektor brandenburski urządził z tej okazji znakomite pokazy sztucznych ogni. Na zamku wydano bankiet, na którym książęta raczeni byli najprzedniejszymi gatunkami win, rodzynkami i migdałami.
W ciągu kilkunastu lat całe miasto gruntownie przebudowano i rozbudowano. Przebudowano też farę Mariacką. W 1544 r. wystawiono w niej alabastrowy ołtarz będący dziełem mistrzów weneckich. W ciągu dwóch lat zbudowano renesansowy zamek na planie kwadratu, z dziedzińcem w środku. Budowla ta słynęła z bogactwa sgraffitowych dekoracji i z ozdobnych portali. Dworska apteka "Pod Złotymi Lwami" sprzedawała artykuły kolonialne.
Obok właściwego miasta, do Kostrzyna należało także Krótkie i Długie Przedmieście, rozbudowane przy drogach wylotowych. Koncentrowały się tam przemysłowe źródła bogactwa miasta. W 1562 w Kostrzynie było np. 38 mistrzów piwowarskich (jednak miejscowe piwo, z wyjątkiem marcowego, uchodziło za nędzne). Na Odrze stały zakotwiczone pływające młyny. W 1653 r. uruchomiono miejski wodociąg napędzany wodnym kołem łopatkowym i czerpiący wodę z Odry. Na przedmieściach próbowano uprawy winorośli. Kostrzyńska komora celna, nakładająca cła na wszystko, co płynęło Wartą i Odrą, słynęła z wyjątkowego zdzierstwa. Solidarnie skarżyli się na nią kupcy szczecińscy i wielkopolscy.
Od XVI wieku nieodłącznym elementem krajobrazu Kostrzyna stała się też twierdza, która z czasem tak zaciążyła nad miastem, że stało się ono niemal wyłącznie jej garnizonem. Pierwszą fortyfikację zbudował w latach 1537-1568 Francesco Chiaramella z Gardino, a dokończył budowę Roch Guerrini-Linari, budowniczy fortyfikacji Drezna. Później, aż do 1880 r., twierdzę wielokrotnie rozbudowywano i przebudowywano, stosownie do zmieniającej się sztuki fortyfikacyjnej.
Surowy reżim wojskowy w XVII wieku zaczął poważnie ograniczać rozwój miasta, którego złoty wiek miał się już ku końcowi. Nie mogli się w nim zatrzymywać podróżni. Furty łączące miasto z przedmieściami otwierano tylko na kilka godzin dziennie. W 1688 r. stał tu trzeci co do wielkości garnizon w państwie prusko-brandenburskim. Twierdza przydała się jednak bardzo podczas wojny 30-letniej. Nie dostała się w ręce rosyjskie ani szwedzkie. Jej fortyfikacji przestraszył się nawet Gustaw Adolf. Dopiero w 1806 r., w atmosferze panującej w Prusach paniki, twierdza skapitulowała przed... jednym francuskim pułkiem napoleońskiej armii marszałka Davouta. Magazyny Kostrzyna pozwoliły wtedy dozbroić i dodatkowo zaopatrzyć całą francuską armię, razem z oddziałami generała Dąbrowskiego. Umocnienia wizytował sam Napoleon, będący znawcą sztuki fortyfikacyjnej; miał określić kostrzyńską twierdzę jako "nie do zdobycia". Rzeczywiście, obsadzona jego żołnierzami forteca oblegana w latach 1813-1814 przez wojska Kutuzowa i Prusaków skapitulowała honorowo jako jeden z ostatnich punktów oporu Francuzów.
W miarę jak rosła kostrzyńska twierdza i wzrastało jej znaczenie, gasł stopniowo złoty wiek miasta. W 1880 r. zmodernizowano po raz ostatni fortecę, budując odległe forty osłaniające nowo powstały kolejowy węzeł komunikacyjny i forty oporowe w sąsiadujących z Kostrzynem miejscowościach. W tym samym czasie miasto nie było już nawet powiatem, wchodząc w skład powiatu chojeńskiego.
Zobaczysz to zwiedzając miasto Kostrzyn oraz na trasie rowerowej 3.