Miasto i twierdza kostrzyńska niszczone były wielokrotnie. Kroniki zapisały pożar w 1491 r., wojnę 30 letnią, zniszczenia miasta przez wojska szwedzkie, kroackie, fińskie, polskie, rosyjskie i francuskie, dwukrotne bombardowanie artyleryjskie miasta prowadzone z Winnej Góry przez Rosjan. Nieodwracalnym piętnem w dziejach miasta odcisnęły się jednak zaciekłe walki o Kostrzyn prowadzone w ostatnich dniach II wojny światowej. W ich wyniku dawne miasto zniszczone zostało w 95%. Z 32 zakładów przemysłowych żaden nie nadawał się do uruchomienia. Zniszczenia dopełniła późniejsza eksploatacja ocalałych fragmentów zabudowy. Cegły z niej posłużyły do odbudowy Warszawy, tory tramwajowe przewieziono do Gorzowa. Renesansowy zamek kostrzyński, który ocalał z działań wojennych, wysadzono w powietrze w 1970 r.
Rezultatem wojny i późniejszych działań było całkowite zniszczenie dawnego Kostrzyna. Obecne miasto rozwinęło się z dawnego przedmieścia zwanego Krótkim. Teren dawnego centrum pozostaje wciąż zwaliskiem ruin, ostatnim takim w Polsce, przypominając jak wyglądały polskie miasta po II wojnie światowej.
Ruiny Starego Miasta i teren dawnej twierdzy w Kostrzynie są miejscem wykształcania się roślinności ruderalnej typowej dla ruin i gruzowisk. Dominują tu spontanicznie powstałe zapusty osiki, iwy i bzu czarnego w mozaice ze skupieniami żółto kwitnącej nawłoci późnej, zbiorowiskami jeżyn oraz ruderalnymi traworoślami trzcinnika piaskowego. Na drzewa wspinają się welony pnączy, przede wszystkim powojnika, ale i dzikiego wina, nadając charakterystyczne piętno krajobrazowi gruzowisk. Na murach dawnej twierdzy rozwija się miejscami roślinność typowa dla siedlisk naskalnych, z dominacją drobnej paprotki - zanokcicy murowej. Na gruzowisku znajdują swoje siedlisko rośliny - relikty dawnych ogrodów, jak np. śnieżyczka przebiśnieg i śniedek baldaszkowy.
W ostatnich latach wykonano w ruinach prace uczytelniające, oznakowując tabliczkami elementy układu przestrzennego dawnego miasta. Rozważana jest odbudowa Starego Miasta w jego historycznym kształcie. Istnieją też projekty zagospodarowania tego terenu na obszar przemysłowo-handlowy. Póki co jednak ruiny centrum Kostrzyna są ostatnim w Polsce tego rodzaju świadectwem II wojny światowej.
Zobaczysz to zwiedzając miasto albo na trasie rowerowej 1.