Drugim, po "Celulozie", akcentem gospodarki Kostrzyna jest węzeł kolejowy. W 1848 r. do miasta dotarła pierwsza kolej: linia Kolei Wschodniej Berlin - Gorzów i dalej do Gdańska i Królewca. W latach 1875-1877 zbudowano linię kolejową Wrocław-Szczecin. W 1896 r. powstała też kolej do Słońska, pierwotnie wąskotorowa. Pierwszy dworzec kolejowy zbudowano w roku 1867 na Starym Mieście, drugi (obecny) na Krótkim Przedmieściu, trzeci był po zachodniej stronieOdry. Obecny dworzec ma oryginalny układ dwupoziomowy. Jest to interesujące rozwiązanie techniczne na skrzyżowaniu linii. Rozproszone zabytki techniki kolejowej: sieć torów, wieża ciśnień, budynek dworca i budynki nastawni stanowią dziś jeden z charakterystycznych elementów krajobrazu Kostrzyna.
Jeszcze kilka lat temu nadwarciańską linię obsługiwały parowozy Pt47, będące jedną z bardziej udanych polskich lokomotyw, przystosowaną do ciągnięcia pociągów ekspresowych i mającą osiągi lepsze od współczesnych elektrowozów. Jeden z parowozów Pt47, o numerze bocznym 121, na pamiątkę tych czasów ustawiono jako pomnik przy szosie w kierunku Szczecina.