W dniach 9-10.09.2006 odbyła się organizowana co 2 lata, trzecia z kolei polsko-czesko-niemiecka konferencja naukowa "Nietoperze Sudetów" ("Fledermäuse der Sudeten"). Po raz pierwszy odbyła się ona po niemieckiej stronie Sudetów. Konferencja została zorganizowana przez Krajowy Komitet Ochrony Nietoperzy (Landesfachausschuß Fledermausschutz) oraz Grupę Ochrony Nietoperzy z Drezna (Fachgruppe Fledermausschutz Dresden im NABU, Landesverband, Sachsen e.V.) we współpracy z dyrekcją CHKO Lužicke Hory, Czeskim Towarzystwem Ochrony Nietoperzy (ČESON), Wrocławską Grupą Chiropterologiczną, Muzeum Przyrodniczym w Jeleniej Górze, Zachodniosudeckim Towarzystwem Przyrodniczym i władzami powiatu Löbau-Zittau (Landkreis Löbau-Zittau, Untere Naturschutzbehörde). Organizacja konferencji została dofinansowana z programu Unii Europejskiej INTERREG III A. Obrady i noclegi zorganizowano w Międzynarodowym Centrum Spotkań w zabytkowym klasztorze St. Marienthal koło Ostritz, malowniczo położonym nad Nysą Łużycką (około 30 km na południe od Zgorzelca, przy granicy z Polską). W konferencji uczestniczyło łącznie 28 osób, w tym zarówno naukowcy jak i amatorzy - miłośnicy nietoperzy.
Obrady rozpoczęły się przedstawieniem pracy i życia Güntera Natuschke (1927 - 2006), który poświęcił wiele lat badaniom i ochronie nietoperzy Górnych Łużyc. Zaplanowaną przez organizatorów "niespodzianką" było uroczyste wręczenie dr Urlichowi Zöphelowi odznaczenia, w ramach programu "Nietoperzu wejdź do domu" (Fledermaus komm ins Haus), przez Panią Reginę Walz z Saksońskiej Fundacji "Przyroda i Środowisko" (Sächsischen Landesstiftung Natur und Umwelt).
Następnie niemieccy, polscy i czescy uczestnicy przedstawili w trakcie referatów i dyskusji wyniki swoich badań oraz stan ochrony nietoperzy w Sudetach oraz regionach je otaczających. W pierwszej sesji J. Furmankiewicz (referat wraz z G. Hebdą i M. Furmankiewiczem) przedstawiła omówiła sytuację dot. występowania podkowca małego w Sudetach. K. Rogowska i T. Kokurewicz przedstawili dane na temat migracji nietoperzy do/z Międzyrzeckiego Rejonu Umocnionego, wskazując na dużą liczbę przelotów ze wschodniej części Niemiec. Następnie U. Zöphel przedstawił dane na temat zimowisk nietoperzy w Górach Łużyckich (wraz z T. Frank, U. Dingeldey, M. Wilhelm).
W drugiej sesji K. Kugelschafter zaprezentował wykorzystanie nowoczesnych technologii w badaniach terenowych na przykładzie obserwacji kolonii rozrodczej nocka dużego (wykorzystanie m.in. bramek na podczerwień do określania aktywności nietoperzy). K. Graczykowska omówiła letnie i zimowe stanowiska karlików (Pipistrellus pipistrellus, P. pygmaeus i P. nathusii) w Sudetach (referat wraz z J. Furmankiewicz i K. Mielecką). Podobne zagadnienia przedstawiła Ch. Schmidt omawiając występowanie tych samych gatunków w Górach Łużyckich (Zittauer Gebirge) i na Pojezierzu Górnołużyckim (Oberlausitzer Teichland). Następnie T. Bartonička przedstawił prezentację na temat pasożytów nietoperzy. W sesji trzeciej D. Horaček przedstawił znaczenie jaskiń lodowych w północnych Czechach dla nietoperzy, J. i M. Furmankiewicz zaprezentowali stan wdrożenia systemu ochrony przyrody NATURA 2000 w polskiej części Sudetów ze szczególnym uwzględnieniem ochrony nietoperzy. Na koniec A. Tereba omówiła poster dotyczący specjalistycznych badań genetycznych DNA (a dokładniej tzw. barcodingu) u nietoperzy (referat wraz z M. Gajewską i W. Bogdanowiczem).
Wieczorem zorganizowano warsztaty badawcze w ramach których przeprowadzono nasłuch detektorowy nietoperzy i odłowy nad brzegiem Nysy Łużyckiej, w czasie których obserwowano m.in. nocki rude i mopki. Dane te zostaną wykorzystane w Saksońskim Atlasie Ssaków. W drugim dniu konferencji odbyła się wycieczka po klasztorze St Marienthal a następnie uczestnicy przejechali do kurortu Jonsdorf w G. Łużyckich gdzie odbyła się wycieczka przyrodnicza m.in. na skały Nonnefelsen.