Ochrona gatunkowa roślin i zwierząt ma wielowiekową tradycję. Już Władysław Jagiełło w 1423 roku wydał zakaz wycinania i niszczenia cisów oraz ustanowił przepisy ochronne dotyczące m.in. bobra i tura. W XV i XVI wieku objęto ochroną żubra, tarpana, łosia, sokoła wędrownego i łabędzia niemego. W 1868 roku Sojusz galicyjski we Lwowie wydał Ustawę o ochronie świstaków i kozic górskich. Nieco później Szwajcaria i Austria wydały zarządzenie dotyczące ochrony szarotki alpejskiej. W Polsce w 1919 roku objęto ochroną 6 gatunków rzadkich roślin, nazywano je zabytkami. Dopiero po II wojnie światowej wydano w Polsce pierwsze poważne rozporządzenie o ochronie gatunkowej roślin, obejmujące 110 gatunków roślin.
Obecnie ochrona gatunkowa w Polsce dzieli się na ścisłą i częściową. Gatunki chronione częściowo to zwykle rośliny lecznicze i przemysłowe, których zbiór jest w ten sposób ograniczany, ponieważ wymaga uzyskania zgody ministra. Ochrona ścisła oznacza, że nie wolno gatunku zabijać ani niszczyć, ale również to, że istnieje obowiązek szczególnej dbałości o środowisko, w którym występuje, zapewnienie jak najlepszych warunków dla jego bytowania.